धुरंधर 1 जहां से खत्म होती है वहीं से धुरंधर 2 की शुरुआत होती है, शुरुआत में दिखाया जाता है कि हमजा अली शुरुआत से हमजा अली नहीं था। फिर कहानी हमजा अली जो कि (जसकीरत सिंह रंगी) है, उसके अतीत से होती है। दिखाया जाता है 2000-2002 में पठानकोट में जमीन विवाद में उसके परिवार के साथ बहुत ज्यादा ज्यादती ओर अन्याय होता है। पिता को फांसी से लटका दिया जाता है ओर बहनों के साथ दुष्कर्म करके ,एक बहन की हत्या कर देते है ओर दूसरी बहन को जबरदस्ती कैदी बना के ले जाते है। जिसका बदला जसकीरत ने (एम-एल-ऐ) और उसके गुंडों को मारकर लिया और अपनी बहन को वहाँ से वापस ले कर आया। जसकीरत के यह बहादुरी देख जब वह जेल जा रहा होता है तब उसे (आई-बी) चीफ अजय सान्याल (आर. माधवन) उसे बचा लेते है ओर उसे ऑपरेशन धुरंधर के लिए चुनते है।
फिल्म के शुरूआत वही से होती है जहां रहमान डकैत(अक्षय खन्ना) कि मौत के बाद लियारी में सत्ता खाली हो जाती है। अब हमजा अली (रणवीर सिंह) लियारी का सबसे बड़ा गैंगस्टर बन कर उभरता है जिसे ‘शेर-ए ई- बालोच’ कहा गया। हमजा अली गैंग वार ,राजनीति ओर ISI के नेटवर्क में और भी गहराई में घुसता है। तब उसका सामना उसके सबसे बड़े दुश्मनों से होता है। मेजर इकबाल (अर्जुन रामपाल), एसपी चौधरी असलम (संजय दत्त) जो कि बड़े-बड़े आतंक में शामिल थे।
हमजा 26/11 हमलों और अपने परिवार के साथ हुए यातना ओर अन्याय का बदला लेने के लिए एक-एक कर दुश्मनों को खत्म करता है। फिल्म मैं गोलीबारी,गैंग वार, राजनीति,विश्वासघात ओर बहुत सारा खून खराब है। यलीना (सराह अर्जून) के साथ अपना परिवार बना चुका है। लेकिन मिशन की वजह से अब सब कुछ दांव पर लग जाता है।
ये फिल्म कई चैप्टर में बटी हुई है,जो समय के साथ आगे बढ़ती है और दिखती है कि पूरे बदले को कैसे सफलतापूर्वक लिया गया। फिल्म मैं देखने को मिलता है कि हमजा कैसे पाकिस्तान के आतंकी नेटवर्क को तोड़ता है और उनका खात्मा करता है। फिल्म के अंतिम भाग में एक सस्पेंस भी छुपा हुआ है, जिसे देखकर दर्शकों के चेहरे पर खुशी देखने को मिलेगी।
